La Institución se encuentra estratificada en niveles:
- Nivel Central: (principalmente normativo) ubicado en la ciudad de Santiago
- Nivel Regional: (principalmente operativo), con 16 Direcciones Regionales y 66 oficinas sectoriales
(según Resolución Exenta N° 8.189 de 2023 - que establece estructura regional del Servicio Agrícola y Ganadero)

Organigrama
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