El manejo de animales en sistemas de producción intensiva o de confinamiento debe asemejar las condiciones naturales de interacción social, medio ambiente (temperatura, humedad, limpieza de corrales, otros), alimentación, densidad animal y desplazamiento.

Cualquier manejo que proporcione estímulos estresantes para los animales puede generar una disminución en la productividad y poner en riesgo la integridad física del personal. Por lo tanto, el bienestar animal se traduce directamente en ganancias económicas para el productor.

El Reglamento sobre Protección de los Animales durante su Producción Industrial, su Comercialización y en otros Recintos de Mantención de Animales (Decreto Nº 29), cuya infracción es fiscalizada por el SAG, resguarda el bienestar animal durante el confinamiento de los animales que se consideran en la categoría de ganado, así como la mantención de animales en zoológicos, circos y exhibición.

La reglamentación señala que el encargado de los animales debe estar capacitado en aspectos como: manipulación y desplazamiento adecuado de los animales, a fin de evitar lesiones físicas, y de minimizar el dolor y sufrimiento, entre otros aspectos.

En el Reglamento se consideran además, aspectos específicos para el manejo de animales en recintos de comercialización y las condiciones mínimas para el funcionamiento de lugares destinados a la exhibición de animales.